La cosa più probabile è che l'anagrafica del dipendente sia contestualmente settata (in Risorse > Anagrafica generale) anche come Collaboratore esterno.

in questi casi il sistema legge il record come ancora attivo e continua a visualizzarlo anche nella lista dei Dipendenti.

Sarebbe sufficiente eliminare la Tipologia anagrafica di "Collaboratore esterno" e magari settarlo come semplce Contatto.