La procedura che potete utilizzare è la seguente:

sinceratevi che la fattura sia già stata contabilizzata, la recuperate da contabilità > fatturazione e la clonate con l'icona apposita in nota di credito.
Detta azione genererà un documento gemello ma con i segni opposti.
Quindi procederete a protocollare la nota di credito ed a contabilizzarla.